Reza a história que, a Irmandade de São Pedro de Clérigos Seculares foi fundada no tempo de el Rei D. Dinis, sendo os leigos admitidos em número muito limitado, contudo há quem refira o reinado de D. João o 1º (1385-1433) como o período de criação, porém é certo que havia preceder, naquele tempo, licença de sua Majestade para a sua criação, licença do Ordinário que são os Arcebispo de Braga e depois confirmação dos estatutos pela Sta. Apostólica. Sabe-se que, em 1604 obtiveram um Breve Apostólico do Papa Clemente VII que não consentia que houvesse outra Irmandade de São Pedro nos termos de Guimarães e, em 1635,conseguiram várias indulgências pelo Breve do Papa Urbano VIII.Certo é, que esta irmandade não tinha casa própria para estabelecer a sua subsistência e, depois de ter sido expulsa pelo cabido de uma capela sita no claustro da Colegiada, refugiou-se em diferentes igrejas da dita vila onde permaneceram por muitos anos acabando no convento de São Francisco. Em virtude do Cabido não ter jurisdição sobre os clérigos da vila intentaram os clérigos de São Pedro erguer uma igreja para nela fazerem os ofícios divinos e todas as mais funções, para tal obtiveram licença do Senado da Câmara, do Ordinário D. José, Arcebispo de Braga obtiveram uma provisão de sua majestade, D. João V para poderem comprar as propriedades de casas que fossem precisa para a construção da igreja A primeira pedra foi lançada no reinado de d. João V (1706-1750) que contribuiu com “grandes esmolas”. Esta obra foi embragada pelo Cabido da colegiada acabando os clérigos por vencer a causa na relação do Porto. Contudo D. José (1750-1777) ao contrário de D. João V não contribuía para a sua construção e a obra foi-se desvanecendo. O priorado da colegiada tentou extinguir a irmandade mas em vão. Valendo-se do seu poder o cabido obrigou o procurador da coroa a fazer uma representação a sua majestade dizendo que o agravo não devia ter sido julgado no Porto mas no juízo da Coroa em Lisboa. A 9 de Junho de 1768 o corregedor da comarca executou a sentença de extinguir a irmandade e destruir o que já tivesse sido construído e todos os bens e dinheiro fosse entregue na Colegiada. A restituição régia ocorreu a 1778/03/07 por carta da Rainha de D. Maria. Por volta de 1880 foram reiniciadas as obras na basílica